本堂 (路德會救主基督堂) 源自座落於大埔道290號的路德會救主堂，該堂於1950年成立。

早於1977年9月，母會香港路德會獲教育署批准在九龍深水埗東沙島街150號開辦路德會西門英才中學，當時一班路德會救主堂的熱心教友，在張勝球牧師領導下，在這座新校舍禮堂成立教會，由張勝球牧師任主任牧師，並由陳懋森先生及鄭漢龍先生二位聖職教師協助堂務，開始舉行主日崇拜及團契聚會，向該校學生、家長及附近居民展開佈道工作，當時仍沿用路德會救主堂名稱。隨著堂務發展，本堂於1982年12月以有限公司註冊成立，並獲香港稅務局批准為認可慈善免稅團體，及至1993年5月更改名稱為路德會救主基督堂，繼續傳揚福音、施行聖禮工作。

至1996年9月，由於教育署學校改善計劃，路德會西門英才中學獲分配遷入元朗一座全新校舍繼續辦學，東沙島街舊校舍則由政府收回。鑑於路途遙遠，本堂教友不便隨校遷堂元朗，於是購入深水埗東沙島街182號潤恆大廈2樓 A座作為教堂，於1997年5月18日舉行新堂奉獻禮，元朗新校則由母會安排同工擔任佈道事工。隨著教會發展需要，更蒙上帝恩賜，本堂於2003年再購入隔鄰B座單位，擴建成現在的堂址，並於2003年12月7日舉行擴堂感恩崇拜暨奉獻禮。